由於石墨坩堝具有體積密度大，耐高溫，傳熱快，耐酸堿，耐高溫強度高，抗氧化性強的特點，在使用過程中難免使用它來防止腐蝕性物質，雖然石墨坩堝具有抗酸抗堿的能力，但是對於個別原料的煉製，在坩堝使用以後的清理工作也就很麻煩。

石墨坩堝需要保持清潔，內外應光亮，經過長久灼燒後，坩堝外表可能黯然無光，日久必深入到內部緻使坩堝脆弱破裂，因此必須清理不清潔之物，如仍汙點或表面發烏，則可以通過100篩目的無尖銳棱角的細砂，用水潤進行輕輕摩擦，使表面回複光澤。 

清洗石墨坩堝的首要工作是將坩堝中的化學物質清洗幹淨，然後清洗幹淨，我們需要根據石墨坩堝中殘留的物質是什麼來決定使用什麼來清洗，石墨坩堝上的附著物是無機燃燒後的殘留物，我們可以用鹽酸來清洗，大部分是可溶性的，有些殘留物含有碳組分，使用鹽酸是不溶性的，此時可以清洗，因為硝酸具有強氧化性，清洗時也可以適當加熱。 對於一些難以清洗的物質，可在稀鹽酸或硝酸中煮沸，注意使用鹽酸時不得含有硝酸，硝酸鹽，若稀硝酸不能洗滌，可用焦亞硫酸鉀，碳酸鈉或硼砂熔體清洗。