由于石墨坩埚具有体积密度大，耐高温，传热快，耐酸碱，耐高温强度高，抗氧化性强的特点，在使用过程中难免使用它来防止腐蚀性物质，虽然石墨坩埚具有抗酸抗碱的能力，但是对于个别原料的炼制，在坩埚使用以后的清理工作也就很麻烦。

石墨坩埚需要保持清洁，内外应光亮，经过长久灼烧后，坩埚外表可能黯然无光，日久必深入到内部致使坩埚脆弱破裂，因此必须清理不清洁之物，如仍污点或表面发乌，则可以通过100筛目的无尖锐棱角的细砂，用水润进行轻轻摩擦，使表面回复光泽。 

清洗石墨坩埚的首要工作是将坩埚中的化学物质清洗干净，然后清洗干净，我们需要根据石墨坩埚中残留的物质是什么来决定使用什么来清洗，石墨坩埚上的附着物是无机燃烧后的残留物，我们可以用盐酸来清洗，大部分是可溶性的，有些残留物含有碳组分，使用盐酸是不溶性的，此时可以清洗，因为硝酸具有强氧化性，清洗时也可以适当加热。 对于一些难以清洗的物质，可在稀盐酸或硝酸中煮沸，注意使用盐酸时不得含有硝酸，硝酸盐，若稀硝酸不能洗涤，可用焦亚硫酸钾，碳酸钠或硼砂熔体清洗。